Eso depende del epígrafe en que has inscrito tu actividad económica. La sanidad está exenta de IVA, pero educación también, así que tiene razón pero no la tiene al mismo tiempo.
Yo inscribo mi actividad, por ejemplo, diciendo que tengo una tienda de gominolas. Entonces al tener que hacer la declaración trimestral, viendo a qué me dedico según el epígrafe en que está mi actividad tienen en cuenta IVA, IRPF o los impuestos que correspondan.
Dicho esto, tú cuando te apuntas en el epígrafe del índice de actividades económicas IAE das el que quieres y el señor de hacienda obviamente no te pregunta si tienes el título X para ejercer, él apunta y tú verás lo que haces. Viendo como funciona el país no sé yo si van a cotejar datos con sanidad para saber quien es quien aunque obviamente incurrirías en infracción si apareces como actividad sanitaria y no lo cambias cuado no eres sanitario....